Voir le document d’exploitation détaillant l’architecture de l’environnement applicatif

Installation de l’environnement applicatif :

• MySQL ou MariaDB

Paramétrage éventuel : modifier le path du dossier contenant les données dans la variable datadir du fichier my.cnf.

• Java 8 minimum
• Apache Tomcat 7 minimum
• Paramétrage obligatoire : ajouter les variables de démarrage Java -Duser.language=en -XX:MaxPermSize=256m
• Paramétrage conseillé : ajouter les variables de démarrage Java -Xms512m -Xmx1024m
  (ces paramétrages sont renseignés directement sous Windows dans l’utilitaire configureTomcat, sous Unix, dans la variable CATALINA_OPTS, par l’intermédiaire du script de démarrage /etc/init.d/tomcat.sh par exemple)

Télécharger puis dézipper le package d’installation :

Dossier d’installation

Mise en place des bases de données UTF-8 :

1. Base de données ‘statiques’ contenant les codifications médicales : tumorotek_codes

   mysql> create database tumorotek_codes default character set utf8;
   

   Injection du contenu en ligne de commande (depuis le dossier /sql)

   mysql -u root -p tumorotek_codes --default-character-set=utf8 < tumorotek_codes\tumorotek_codes-init.sql
   

2. Base de données ‘temporaires’ recevant les données transmises par les interfaçages : tumorotek_interfacages

   mysql> create database tumorotek_interfacages default character set utf8;
   

   Injection du contenu en ligne de commande (depuis le dossier /sql)

   mysql -u root -p tumorotek_interfacages --default-character-set=utf8 < tumorotek_interfacages\tumorotek_interfacages-init.sql
   mysql -u root -p tumorotek_interfacages --default-character-set=utf8 < tumorotek_interfacages\tumorotek_interfacages_FK.sql
   mysql -u root -p tumorotek_interfacages --default-character-set=utf8 < tumorotek_interfacages\live_scans.sql
   

3. Base de données de PRODUCTION : tumorotek

   mysql> create database tumorotek default character set utf8;
   

   Injection du contenu en ligne de commande (depuis le dossier /sql)

   mysql -u root -p tumorotek --default-character-set=utf8 < tumorotek\tumorotek-init.sql
   mysql -u root -p tumorotek --default-character-set=utf8 < tumorotek\createINCAtables.sql
   mysql -u root -p tumorotek --default-character-set=utf8 < tumorotek\createSTATStables.sql
   

   Création du compte SuperAdministrateur s’il n’existe pas encore en base (par défaut login : ADMIN_TUMO, mdp : ADMIN_TUMO)

   mysql> insert into tumorotek.UTILISATEUR (utilisateur_id, login, password, archive, timeout, super) values (1, 'ADMIN_TUMO', md5('ADMIN_TUMO'), 0, null, 1);
   

4. Recommandé : création d’un utilisateur dédié à l’application TumoroteK

   mysql> create user tumo@'localhost' identified by 'tumo';
   mysql> GRANT ALL PRIVILEGES ON tumorotek_codes.* TO tumo@'localhost';
   mysql> GRANT ALL PRIVILEGES ON tumorotek_interfacages.* TO tumo@'localhost';
   mysql> GRANT ALL PRIVILEGES ON tumorotek.* TO tumo@'localhost';
   

   Injection des procédures stockées (depuis le dossier /sql)

   mysql -u tumo -p tumorotek --default-character-set=utf8 --delimiter="&&" < tumorotek\charts.sql
   mysql -u tumo -p tumorotek --default-character-set=utf8 --delimiter="&&" < tumorotek\export_biobanques.sql
   mysql -u tumo -p tumorotek --default-character-set=utf8 --delimiter="&&" < tumorotek\export_BIOCAP.sql
   mysql -u tumo -p tumorotek --default-character-set=utf8 --delimiter="&&" < tumorotek\export_INCA.sql
   mysql -u tumo -p tumorotek --default-character-set=utf8 --delimiter="&&" < tumorotek\export_mysql.sql
   mysql -u tumo -p tumorotek --default-character-set=utf8 --delimiter="&&" < tumorotek\export_TGVSO.sql
   mysql -u tumo -p tumorotek --default-character-set=utf8 --delimiter="&&" < tumorotek\getBoite.sql
   mysql -u tumo -p tumorotek --default-character-set=utf8 --delimiter="&&" < tumorotek\indicateurs.sql
   

   Si les procédures sont créées en tant que root…

   mysql> GRANT SELECT ON mysql.proc TO 'tumo'@'localhost';
   
   mysql> flush privileges;
   

   Cet exemple de création de compte dédié se base sur le principe d’une connexion uniquement en localhost, MySQL et Apache Tomcat étant donc installés sur la même machine, adaptez ces lignes et le niveau de sécurité en cas de l’utilisation d’un serveur de base de données dédié

Déploiement de l’application TumoroteK

• Arrêter le service Apache Tomcat
• Déplacer la web archive tumorotek##2.3.0.15.war dans le dossier <PATH_TOMCAT>/webapps
• Déplacer le contenu du dossier localhost dans le dossier <PATH_TOMCAT>/conf/Catalina/localhost
• Démarrer le service Apache Tomcat
• Vérifier le bon déploiement de l’application tumorotek dans l’interface Manager du Tomcat http://<SERVEUR>:8080/manager/html

Configuration de l’application TumoroteK

• Arrêter l’application tumorotek dans l’interface Manager du Tomcat http://<SERVEUR>:8080/manager/html
• Le paramétrage de l’application se fait dans le fichier <PATH_TOMCAT>/conf/Catalina/localhost/tumorotek.properties :

1. Paramètres de connexion JDBC à la base de PRODUCTION tumorotek :

   db.url = jdbc:mysql://localhost:3306/tumorotek?createDatabaseIfNotExist=true&characterEncoding=UTF-8&rewriteBatchedStatements=true&serverTimezone=Europe/Paris
   db.user = tumo
   db.password = tumo
   

2. Paramètrage du dossier racine des fichiers associés aux données

   Il est recommandé pour faciliter les sauvegardes de placer ce dossier dans le même lecteur/dossier que le datadir mysql

   # exemple : tk.filesystem = D:/data/TK
   tk.filesystem = <RACINE_FILESYSTEM>
   

3. Paramètres de connexion JDBC à la base de codifications médicales tumorotek_codes

   db.codes.url = jdbc:mysql://localhost:3306/tumorotek_codes?createDatabaseIfNotExist=true&characterEncoding=UTF-8&serverTimezone=Europe/Paris
   db.codes.user = tumo
   db.codes.password = tumo
   

4. Déclarations par défaut des fichiers de emplacements des fichiers de configuration fonctionnelle de TumoroteK :

   • Configuration générale : tumorotek.properties

     tk.conf.dir = <PATH_ABSOLU_TOMCAT>/conf/Catalina/localhost/
     

   • Configuration connexion directe serveur identités :

     tk.sip.system = <PATH_ABSOLU_TOMCAT>/conf/Catalina/localhost/sip/
     

   • API imprimante modul-bio :

     tk.mbio.system = <PATH_ABSOLU_TOMCAT>/conf/Catalina/localhost/mbio/
     

   • Configuration interfacages TK :

     camel.conf.dir = <PATH_ABSOLU_TOMCAT>/conf/Catalina/localhost/camel/
     

5. Paramètres de connexion JDBC à la base interfaces tumorotek_interfacages

   db.interfacages.url = jdbc:mysql://localhost:3306/tumorotek_interfacages?createDatabaseIfNotExist=true&characterEncoding=UTF-8&serverTimezone=Europe/Paris
   db.interfacages.user = tumo
   db.interfacages.password = tumo
   

6. LDAP / ActiveDirectory

   L’activation de l’authentification nécessite de remplacer la ligne du fichier <PATH_TOMCAT>/conf/Catalina/localhost/tumorotek.properties suivante

   ldap.authentication = false
   

   par

   ldap.authentication = true
   

   et d’indiquer les paramètres de connexion au LDAP dans les lignes suivantes de ce même fichier :

   activedirectory.url = <URL_LDAP> (exemple : activedirectory.url = ldap://127.0.0.1:389/dc=sls,dc=aphp,dc=fr)
   ldap.userdn = <USER_LDAP>
   ldap.password = <MDP_LDAP>
   

7. Niveaux de logs Log4j

   Se référer à la documentation Log4j pour l’édition du fichier <TOMCAT_PATH>/webapps/tumorotek##2.3.0.15/WEB-INF/classes/log4j.properties

   • Démarrer l’application tumorotek dans l’interface Manager du Tomcat http://<SERVEUR>:8080/manager/html

Connexion Super Administrateur TK

• URL d’accès : http://localhost:8080/tumorotek
• Utilisateur : ADMIN_TUMO
• Mot de passe par défaut A modifier : ADMIN_TUMO

Premiers paramétrages applicatifs (consulter le manuel utilisateur) :

• Onglet Administration > Collaborations : créer l’environnement médical (Hôpital, Service, Collaborateurs) responsable de la biobanque
• Onglet Administration > Comptes : les comptes des utilisateurs du personnel de la biobanque

Il est recommandé de confier à un des utilisateurs les droits d’Administration de la Plateforme dans l’onglet Administration > Plateforme afin que cet utilisateur deviennent l’utilisateur ‘référent’ pour la biobanque.
Cet utilisateur pourra alors compléter la configuration selon l’activité spécifique de la biobanque (collections, thésaurus, conteneurs de stockage, annotations, autres comptes, profils, modèles d’impressions etc…)

• Onglet Administration > Collection : créer éventuellement une première collection de travail en attribuant des profils sur la collection aux utilisateurs non administrateurs de plateforme.