Installation de TumoroteK version 2.3.0.15

TumoroteK version 2.3.0.15 Java version 8 Apache Tomcat version 7

Voir le document d’exploitation détaillant l’architecture de l’environnement applicatif
Installation de l’environnement applicatif :
  • MySQL ou MariaDB

Paramétrage éventuel : modifier le path du dossier contenant les données dans la variable datadir du fichier my.cnf.

  • Java 8 minimum
  • Apache Tomcat 7 minimum
  • Paramétrage obligatoire : ajouter les variables de démarrage Java -Duser.language=en -XX:MaxPermSize=256m
  • Paramétrage conseillé : ajouter les variables de démarrage Java -Xms512m -Xmx1024m
    (ces paramétrages sont renseignés directement sous Windows dans l’utilitaire configureTomcat, sous Unix, dans la variable CATALINA_OPTS, par l’intermédiaire du script de démarrage /etc/init.d/tomcat.sh par exemple)
A. Télécharger puis dézipper le package d’installation :

Dossier d’installation

B. Recommandé : création d’un utilisateur de base de données dédié à l’application TumoroteK + autorisations sur les trois bases de données
mysql> create user tumo@'localhost' identified by 'tumo';
mysql> GRANT ALL PRIVILEGES ON tumorotek_codes.* TO tumo@'localhost';
mysql> GRANT ALL PRIVILEGES ON tumorotek_interfacages.* TO tumo@'localhost';
mysql> GRANT ALL PRIVILEGES ON tumorotek.* TO tumo@'localhost';

Cet exemple de création de compte dédié se base sur le principe d’une connexion uniquement en localhost, MySQL et Apache Tomcat étant donc installés sur la même machine, adaptez ces lignes et le niveau de sécurité en cas de l’utilisation d’un serveur de base de données dédié

C. Préparation au déploiement de l’application TumoroteK
  1. Arrêter le service Apache Tomcat
  2. Déplacer le contenu du dossier localhost dans le dossier <PATH_TOMCAT>/conf/Catalina/localhost

    Pour que l’application fonctionne correctement, le fichier tumorotek.properties ne doit pas être déplacé ou renommé.

  3. Modification du fichier de paramétrage de l’application <PATH_TOMCAT>/conf/Catalina/localhost/tumorotek.properties :

    1. Paramètres de connexion JDBC à la base de PRODUCTION tumorotek :

      db.url = jdbc:mysql://localhost:3306/tumorotek?createDatabaseIfNotExist=true&characterEncoding=UTF-8&rewriteBatchedStatements=true&serverTimezone=Europe/Paris
db.user = tumo
db.password = tumo

    2. Paramètres de connexion JDBC à la base de codifications médicales tumorotek_codes

      db.codes.url = jdbc:mysql://localhost:3306/tumorotek_codes?createDatabaseIfNotExist=true&characterEncoding=UTF-8&serverTimezone=Europe/Paris
db.codes.user = tumo
db.codes.password = tumo

    3. Paramètres de connexion JDBC à la base interfaces tumorotek_interfacages

      db.interfacages.url = jdbc:mysql://localhost:3306/tumorotek_interfacages?createDatabaseIfNotExist=true&characterEncoding=UTF-8&serverTimezone=Europe/Paris
db.interfacages.user = tumo
db.interfacages.password = tumo

    4. Paramètrage du dossier racine des fichiers associés aux données

      Il est recommandé pour faciliter les sauvegardes de placer ce dossier dans le même lecteur/dossier que le datadir mysql

      # exemple : tk.filesystem = D:/data/TK
tk.filesystem = <RACINE_FILESYSTEM>

    5. Emplacements des fichiers de configuration fonctionnelle de TumoroteK :

      • Racine des fichiers de configuration de l’application :

        tk.conf.dir = <PATH_ABSOLU_TOMCAT>/conf/Catalina/localhost/

      • Configuration connexion directe serveur identités :

        tk.sip.system = <PATH_ABSOLU_TOMCAT>/conf/Catalina/localhost/sip/

      • API imprimante modul-bio :

        tk.mbio.system = <PATH_ABSOLU_TOMCAT>/conf/Catalina/localhost/mbio/

      • Configuration interfacages TK :

        camel.conf.dir = <PATH_ABSOLU_TOMCAT>/conf/Catalina/localhost/camel/

    6. LDAP / ActiveDirectory

      L’activation de l’authentification nécessite de remplacer la ligne du fichier <PATH_TOMCAT>/conf/Catalina/localhost/tumorotek.properties suivante

      ldap.authentication = false

      par

      ldap.authentication = true

      et d’indiquer les paramètres de connexion au LDAP dans les lignes suivantes de ce même fichier :

      activedirectory.url = <URL_LDAP> (exemple : activedirectory.url = ldap://127.0.0.1:389/dc=sls,dc=aphp,dc=fr)
ldap.userdn = <USER_LDAP>
ldap.password = <MDP_LDAP>

  4. Niveaux de logs Log4j

    Se référer à la documentation Log4j pour l’édition du fichier <TOMCAT_PATH>/webapps/tumorotek##2.3.0.15/WEB-INF/classes/log4j.properties

  5. Déplacer la web archive tumorotek##2.3.0.15.war dans le dossier <PATH_TOMCAT>/webapps

  6. Démarrer le service Apache Tomcat

    L’application TumoroteK va créer et initialiser les bases de données (tumorotek, tumorotek_codes et tumorotek_interfacages) automatiquement.

  7. Vérifier le bon déploiement de l’application tumorotek dans l’interface Manager du Tomcat http://<SERVEUR>:8080/manager/html
D. Connexion Super Administrateur TK
E. Premiers paramétrages applicatifs (consulter le manuel utilisateur) :
  • Onglet Administration > Collaborations : créer l’environnement médical (Hôpital, Service, Collaborateurs) responsable de la biobanque
  • Onglet Administration > Comptes : les comptes des utilisateurs du personnel de la biobanque

Il est recommandé de confier à un des utilisateurs les droits d’Administration de la Plateforme dans l’onglet Administration > Plateforme afin que cet utilisateur deviennent l’utilisateur ‘référent’ pour la biobanque.
Cet utilisateur pourra alors compléter la configuration selon l’activité spécifique de la biobanque (collections, thésaurus, conteneurs de stockage, annotations, autres comptes, profils, modèles d’impressions etc…)

  • Onglet Administration > Collection : créer éventuellement une première collection de travail en attribuant des profils sur la collection aux utilisateurs non administrateurs de plateforme.